Das Museum im Zeughaus Schaffhausen vermittelt Wissen zur Geschichte der Schweiz und ihrer Armee an zwei Standorten: In Schaffhausen in den historischen Gebäuden des Kantonalen Zeughauses sowie am Rheinfall auf dem SIG Areal in Neuhausen.

Mehrere Dauer- und Sonderausstellungen und regelmässige Veranstaltungen greifen historische Ereignisse und Themen auf, welche für die Entwicklung der Schweiz von gesellschaftlicher, politischer, wirtschaftlicher oder militärischer Bedeutung waren. Ein besonderes Augenmerk liegt in der Regel auf den Bezügen einzelner Themen zur Region Schaffhausen.
Das Museum präsentiert zudem in den Ausstellungen und in mehreren Schaudepots sein umfangreiches, militär- und technikgeschichtlich wertvolles Sammlungsgut. Dessen Pflege und Erhalt sind wichtige konservatorische Aufgaben des Museums. So sind die rund 50 Rad- und über 20 Raupenfahrzeuge in betriebsfähigem Zustand und für den Verkehr zugelassen.