Der Kantonsbaumeister Johann Christoph Bahnmaier, der auch St. Maria in Schaffhausen erbaute, schuf 1869 die heutige Dorfkirche von Schleitheim.
Die Medaillons an der Empore stellen in symbolischen Emblemen Aussagen der Bibel dar - neben der Arche Noah, den Gebotetafeln und der erhöhten Schlange aus dem Alten Testament, dem Lamm Gottes und dem Kreuz aus dem neuen Testament auch Symbole wie der Anker, eine Sanduhr für die Vergänglichkeit und der Phönix für die Auferstehung.
Oben am Abschluss des Kirchenschiffes finden sich Paulus und Petrus. Mose und Elia auf der Rückseite mussten 1887 dem Einbau der Orgel weichen.

Die romantisch gestimmte Orgel auf der Empore wurde von Johann Nepomuk Kuhn (1827-1888) erbaut und am 27. März 1887 eingeweiht. Hundert Jahre später wurde sie bei der Kirchenrenovation überholt und leistet wieder treue Dienste - begleitet allerdings seither von einer zweiten, barock gestimmten Orgel im Kirchenschiff, die als Ersatz gedacht war und nun eine musikalische Besonderheit von Schleitheim darstellt. Die neue Orgel wurde von der Firma Orgelbau de Gier in Uhwiesen erbaut und weist trotz des kompakten Baus 13 Register auf.

Das Kirchenfenster an der Front wurde 1966 zum Jubiläum der Spar- und Leihkasse des Bezirks Schleitheim vom ortsansässigen Künstler Hermann Meyer (geb. 1935) erstellt, als die Kirche innen weiss übertüncht und noch nicht historisch renoviert worden ist (1973/74). Es zeigt Tod und Auferstehung Christi, den Hauptmann unter dem Kreuz und die Taube des Heiligen Geistes.

1901 wurde der spitze Kirchturm erstellt, der heute durch seine farbigen Ziegelmuster auffällt. Dabei wurde auch das vierstimmige Geläut erneuert. Eine fünfte Glocke von 1608 blieb zuoberst im Glockenstuhl erhalten, das Chriesiglöckli.